A Pró-reitoria de Saúde (PR-5) tem como missão fortalecer a integração acadêmico-assistencial visando à construção de um modelo de gestão para as unidades assistenciais do Complexo de Saúde, além de estimular a cooperação técnico-científica para o SUS, nas três esferas de Governo.
O objetivo principal é o assessoramento, planejamento, supervisão, coordenação, avaliação e controle de todas as ações do Complexo de Saúde.
A PR-5 conta ainda com o trabalho de colegiado através de suas coordenadorias especializadas e seus respectivos núcleos.